阿拉法特在开罗期间，埃及政局复杂多变，政局的主宰者是加麦尔·阿卜杜拉·纳赛尔。纳赛尔行伍出身，是埃及自由军官组织的领导人，也是推翻埃及封建王朝的实际领袖和阿拉伯埃及共和国的奠基者。1954年11月，他出任代总统、代总理。1956年6月，他当选为总统兼任总理。阿拉法特一度对纳赛尔寄予厚望，但事实却让他大为失望。纳赛尔确实关心巴勒斯坦问题，但他想把这个问题纳入埃及的控制下。纳赛尔不愿意让阿拉法特等人成为独立的巴勒斯坦军事组织的领导人。阿拉法特在认真考虑后，认为必须成立自己的组织。
1959年阿拉法特与战友阿布·杰哈德等人成立了“法塔赫”组织。在阿拉伯语中，“法”、“塔”、“赫”三个字是“巴勒斯坦”、“解放”、“运动”三个词的字首。他们成立了“法塔赫”领导下的军事组织，取名为“暴风部队”，建立了“法塔赫”组织系统，规定“法塔赫”代表大会为最高权力机构。
1965年1月1日，阿拉法特及其战友领导“暴风部队”游击战士打响了反对以色列侵略斗争的第一枪。这一天就成为巴勒斯坦革命爆发日。在此后的一段时间里，阿拉法特一直活跃在这一地区，但因政治原因，他曾两次在叙利亚、一次在黎巴嫩被捕，被迫转入地下活动，化名为阿布·阿马尔。他继续领导巴勒斯坦游击队从约旦边境和加沙地带不断向以色列发动袭击。1967年第三次中东战争前后，他领导“法塔赫”所属的“暴风部队”多次在以色列占领区作战，其影响不断扩大。