三国政府被迫让步，苏联政府向原定目标不断迈进，开始在三国制定特定的候选人，组成亲苏政府。新政府的成立和苏军相继进驻各国。三国政府在实行任何一项重要措施时都须秉承莫斯科的指示或莫斯科代表的旨意行事，实质上使三国完全丧失了独立性。
7月14日，三国同时进行议会选举，宣布成立苏维埃政权。1940年8月初，苏联最高苏维埃第七次会议决定吸收立陶宛、拉脱维亚、爱沙尼亚为苏联第14、第15、第16个加盟共和国。波罗的海三国正式被苏联兼并。苏联的人口和领土都不断得到扩张。
那么在苏联举行这些大张旗鼓的行动的时候，国际上别的国家都在做什么？为什么没有任何一个国家出来进行干涉呢？当时德国忙于西线作战，无暇东顾，而且也不愿过早与苏联割断联系。所以当波罗的海三国请求德国居中调解时，德国的态度是“这纯粹是苏联和波罗的海国家的事”，“德国无意干预波罗的海国家的政治事务”。英法两国在与德军作战中屡战屡败，既无力也无暇顾及远在东欧的波罗的海三国，对苏联在波罗的海三国的行动也只能听之任之。其他国家当时的局面，也在一定程度上促成了苏联兼并波罗的海三国的成功。此次行动极大增强了苏联的实力，为以后的进攻打下了坚实的基础。