穆沙拉夫接任陆军参谋长一职后，政府与军队的矛盾并未缓和。1999年中，在克什米尔地区的印巴卡吉尔边境发生冲突，使巴军政矛盾公开化。谢里夫指责军方没有得到政府的同意就在这一有争议的地区采取军事行动，并下令部队从卡吉尔撤军，同时主张不再支持挑起争端的伊斯兰教武装分子。而穆沙拉夫不同意，因为是他亲自下令打响了卡吉尔战役的枪声，他也公开承认对克什米尔武装分子的支持。同年7月，在印巴冲突最为严重的时候，谢里夫顶着国内重重压力访问美国，并签署了巴美华盛顿宣言，直接促成了穆斯林武装分子的后撤行动，印巴紧张局势终于降温。但此举事先并未征得军方同意，致使双方的关系雪上加霜。
卡吉尔冲突后，谢里夫视察了几乎所有的巴军防地，安抚将士，独揽“蒙羞卡吉尔”的一切责任，将巴军队紧密地团结在自己周围，积聚自己的实力。此后，谢里夫先后派其弟等心腹访美，与美达成了“孤立塔利班、协助捉拿本·拉登、解除穆斯林武装分子的武装”等多项默契。军方认为谢里夫的行为是“继续出卖国家利益并企图把外部势力引入巴国内事务”。