但是，护法军政府成立后，其内部仍然存在多重矛盾，孙中山的地位并不稳固。孙中山成立护法军政府，除了对外张扬民主与法治的旗帜外，内部则主要依托于西南地方实力派。在保持西南各省独立性、不使北洋系染指方面，孙中山与地方实力派有共同语言，也可以得到他们一定程度的支持；当北洋系及北京政府对西南压迫过甚，如派大军“征讨”、不得各省同意而任免官吏时，地方实力派出于维护自身利益的需要，也屡有抗争，直至与北洋军武力相向（有关南北战争的情况见下节）。但孙中山力图统一中国、实行民主政治的高远理想及其行事时不无激进操切的做法，与地方实力派割据地盘、维护实利、稳定为先的意愿有相当的矛盾。孙中山与地方实力派之间既协调又矛盾、磕磕碰碰的复杂关系自军政府成立后即交错发展，但始终不能磨合成型为基于共同理想与利益的稳定的政治联盟，而只能是在遇事时对北洋系和北京政府保持一定的相近立场而已。加以广东虽为革命党长期活动之地，但孙中山在此并无直接掌控的部队，在讲求实力原则尤其是“有枪即为王”的民国政治环境下，孙中山之不为实力军人看重亦为常事，孙曾坦承“军府既无实力，无从发言”，“仅有外形，毫无实力”。孙在广东主要依靠海军，但是，因为经费等等现实问题需要得到地方实力派的相助，南下海军的态度亦不能完全倾向孙中山，而不时依违于孙与地方实力派之间。1918年2月26日，军政府海军总长程璧光在广州海珠遇刺，不幸身亡（关于此案之主谋者，有桂系和革命党两说），南下海军从此失去领导重心，孙中山也无法再倚为支持。如唯一就职的军政府陆军总长张开儒所言：“军政府类似虚设，大元帅徒负空名，两元帅就职迁延，各总长意存观望。”这种情况不能不影响到军政府的权威和工作效率。