共济会与科学事业联系密切，以至于共济会看上去更像是一个科研组织。各地共济会纷纷出资举办有关蒸汽机、打桩技术和电力知识的科学讲座，并创立图书馆推动科学研究。维也纳真和谐会堂就秉承“观察自然，认识自然，造福社会”的宗旨，发行了自己的期刊。许多自然科学界的知名学者也顺理成章地加入共济会，其中就包括维也纳自然历史博物馆各展室的负责人。因此，御医伊格纳茨·费舍尔（Ignaz Fischer）成了维也纳共济会真和谐会堂（The True Harmony lodge）的首任总导师，第二任总导师则是同时作为地质学家和博物馆主管的伊格纳茨·冯·伯恩（Ignaz von Born）。会堂的共济会成员中，或许还包括了玛丽亚·特蕾莎的私人医师格哈德·范·施维滕，作为帝国图书馆的负责人，他还参与了自然历史博物馆的创建工作。
真和谐会堂打造出一张横跨欧洲大陆的信息共享大网，从伦敦向东直达圣彼得堡，它也借此成了共济会遍布哈布斯堡中欧领土的60余所会堂中最为光彩夺目的明星。伊格纳茨·冯·伯恩甚至一度计划效仿伦敦皇家科学院（同样植根于共济会），将真和谐会堂改造成传播科学知识的专科学院。然而类似的构想早已在别处被付诸实践。位于布拉格的三星皇冠会堂和三鹰会堂同样致力于自然科学的推广工作，尤其是地质学研究，而在特兰西瓦尼亚的锡比乌，三朵睡莲会堂的总导师则是身为省执政官的塞缪尔·冯·布鲁肯陶尔，一位博学多识的人。作为自然科学家的赞助人，布鲁肯陶尔帮助自己的私人医师，顺势疗法的创始人塞缪尔·哈内曼加入了共济会，他同时也是一位钱币徽章收藏家。