曹操为了杀死孔融，可以说是用心良苦。他想了两个办法。
第一个办法，为自己制造不在场证明。
公元208年，七月，曹操率领大军南下，交代留守的官员：“我去打南方的刘备和孙权了，后方的事情都交给你们来处理了，跟我没关系。我走了。”到了下一个月，也就是八月，才有人举报孔融的一系列罪名，紧接着就走司法程序，把孔融给杀了，满门抄斩。曹操打个时间差，就是想以这么一个障眼法来掩天下人的耳目，表示孔融死的时候我正在前线打仗，这事跟我没什么关系。
第二个办法，用不孝罪杀死孔融。
曹操不但要从肉体上消灭孔融，还打算从精神上摧毁孔融。曹操要想杀孔融，有很多莫须有的罪名，比如心怀篡逆、诽谤朝廷、不修边幅、违反朝仪等等。除此之外，曹操还特地精心构造了一个罪名——不孝罪。理由是孔融曾经发表过一个大逆不道的观点，叫作“父母于子女无恩论”。他说：“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物缶中，出则离矣。”（《后汉书·孔融传》）这段话大意是说，父母对子女没有什么恩情可言。首先父亲对子女就没有恩情，父亲生下子女，难道是为了爱护他吗？不是，子女只是父亲发泄性欲的一个副产品而已。母亲对子女也没有恩情可言，你别看母亲十月怀胎那么辛苦，其实母亲生孩子就好像是从瓶子里面往外倒东西一样，倒出来就完事了。你说这瓶子对倒出来的东西，有什么恩情可言吗？也没有。所以父母对子女都没有恩情可言。