9月10日，英、法、美、德、意、比、俄、日、西班牙九国公使联衔照会总理衙门，要求迅速查办。因教案涉及英、法、美等国，张之洞主张交涉以法国为主。总理衙门电示：“既经闹事，不外拿犯、赔偿两端，望饬速办为要。”张之洞认为参与打教者主要为“本地愚民”和“外来游匪”，严令限期拿获。宜昌府县官员在各地先后逮捕12人，分别处以军、流、杖各刑。
在赔款的交涉上，仅英驻汉口领事就报出教堂损失多达银13万两，并派出军舰配合威逼，因江水太浅，便改装兵舰一艘驶向宜昌。在张之洞的要求下，9月20日清政府派南洋舰队军舰两艘上驶汉口（其中一艘因水浅返回）以防不测。清政府主要与英法两国进行交涉。英领事提出湖南全省通商，被张之洞拒绝。至1892年1月，议定赔偿法国银10万两；英国银66861两，另加银洋910元；美国银8000两。