此前的4月20日，清政府从英国驻华公使威妥玛的来函中得知日本即将出兵的消息，但对日本侵台的情报尚知之较少；但当得知日本明确出兵台湾的消息后，地方或中央都立即作出反应。5月3日，福田九成在厦门向知府李钟霖递交了西乡致闽浙总督李鹤年的汉文照会及附件，声称奉日皇之命“即率亲兵，由水路直进番地”，公然要求李鹤年转饬地方官员不得阻拒，并晓谕台湾府县将被日军追赶而逃匿的“生番”“捕交”日本兵营，无视中国主权，狂妄达于极点。李鹤年于5月8日接到这一照会后，即于11日在照复中严正指出：台湾属中国之疆土，琉球系中国之藩属，西乡出兵台湾乃违背万国公法及中日和约，要求其撤兵回国。
5月11日，总理衙门照会日本外务省，表明了中国反对日本出兵台湾的态度。接着，清廷谕令福州船政大臣沈葆桢：“带领轮船兵弁，以巡阅为名，前往台湾生番一带察看，不动声色，相机筹办。"5月29日，又任命沈葆桢为钦差办理台湾等处海防兼理各国事务大臣，要他“或谕以情理，或示以兵威，悉心酌度，妥速处理”。并命令福建布政使潘蔚帮办台湾事宜。6月中旬，沈葆桢和潘蔚到达台湾后便开始部署台岛的陆海防，增调淮军精锐13营6500名士兵赴台，布控于凤山；船舰也常驻澎湖、台北、厦门、福州等地，作了备战的准备。