产生这些问题的一个重要原因是港口管理缺乏法律依据，港口经营缺乏必要的法律规范。因此，为了适应管理体制改革后新形势的需要，保证对港口依法实施管理，维护港口经营的良好秩序，促进港口健康发展，增强国际竞争能力，更好地为国民经济和社会发展服务，制定港口法是必要的。在对《港口法》进行了充分论证的基础上，历经十年的起草工作后，《港口法》终于在2003年6月28日上午召开的第10届全国人民代表大会常务委员会第3次会议上获得通过。时任国家主席胡锦涛签署第五号国家主席令予以颁布，并于2004年1月1日起正式实施。为规范港口经营行为，维护港口经营秩序，2003年12月26日经第18次部务会议通过了《港口经营管理规定》，于2004年6月1日起施行。
2005年3月21日经第6次部务会议通过了《港口工程竣工验收办法》，并于2005年6月1日起施行。为加强港口建设管理，规范港口建设市场秩序，保证港口工程质量，2007年1月25日经第2次部务会议通过了《港口建设管理规定》，于2007年6月1日起施行。为规范港口规划工作，科学利用、有效保护港口资源，促进港口健康、持续发展，制定了《港口规划管理规定》，于2008年2月1日起施行。