清朝入关后经历了10代皇帝，大多信佛，特别崇奉喇嘛，山西境内是汉族地区喇嘛教盛行之地。康熙皇帝曾先后5次巡游五台山，敕赐梵文藏经2部，匾额55块，作诗15首，碑文20余道，修葺寺院20余座，赠送渗金佛菩萨像7尊，做各种道场8次，敕赐金银6000余两，赍送珍物，多难悉录。此间，康熙还封菩萨顶大喇嘛丹巴扎萨克为禅师，赐予提督印、斩杀剑，命山西全省进贡钱粮。又让统辖内蒙古、青海佛教事务的大活佛章嘉呼图克图常住台山镇海寺。康熙二十三年（1684），清圣祖敕命“于菩萨顶前后山门，设官永镇。把总1员，马兵10名，步兵30名，守护香火供器”。三十六年（1697），康熙皇帝出巡南北，来大同云冈石窟寺，题“庄严法相”的御书金额和大佛字。到清世宗雍正时，境内仅五台山就有规模宏大的喇嘛寺26所，喇嘛千余人。乾隆皇帝也同康熙、雍正一样，光扬道化，倾仰五台山，尊奉文殊菩萨，礼遇喇嘛僧徒。他曾先后6次西巡五台山，制碑题额，赐诗赏物，修葺佛寺，兴建行宫，举行法会。嘉庆皇帝于嘉庆十六年（1811）三月，至五台山，赏给修理庙宇行宫银2万两。嘉庆以后清朝国运日衰，到清朝末年，山西境内平均各县建寺院十余处。