在宗教问题上，卢梭从他的自然哲学出发，提出了一个以自然情感和理性为核心的自然神学。
卢梭出生在一个新教的家庭，但在流浪生涯中又曾因生计问题而随意改宗了天主教。随着年龄的增长和心智的成熟，卢梭开始思考真正的宗教和信仰问题。在当时，启蒙运动的哲学家大都坚持唯物主义的观点，反对宗教神学，宣扬无神论思想，但作为启蒙运动的重要一员的卢梭，却公开宣布自己是有神论者，并在《爱弥儿》中，借萨瓦省一位牧师之口，阐述了自己的自然神学观。他把物质和运动割裂开来，认为只有某种外在力量才能引起运动，而这个推动宇宙、构造世界、给万物以生命和运动的最高主宰，就是上帝。卢梭反对以宗教迷信和狂热为特征的传统天启宗教，主张“自然宗教”。他说：“我常常以自己的方式来理解宗教，但我从来没有完全离开宗教。”②在《致毕蒙主教书》中，卢梭明确地表达了自己的信仰：“我是个天主教徒，一个诚挚的教徒，遵从圣经福音的信条。我是个教徒，但并不是牧师的信徒，而是耶稣基督的信徒。我所坚信的天主并不要求深入讨论福音信条，而注重切身实行；他要求弟子信仰能使人类行善的事物，他告诉我们只要去爱自己的兄弟就是履行了信条①。”