而南北的内部，尚不免于战争。九年七月，北方的吴佩孚自衡阳撤防回直隶，和段祺瑞所统率的定国军作战。定国军败，段氏退职，是为皖、直之战。南方亦因心力不齐，总裁中如孙中山等均离粤。是年十月，以粤军而驻扎于福建漳州的陈炯明回粤，政务总裁岑春煊等宣布取消自主。徐世昌据之，下令接收，孙中山等通电否认，回粤再开政务会议。十年四月，国会再开非常会议，选举孙中山为大总统。于五月五日就职。陈炯明遂进兵平定广西。
是时北方：曹锟为直、鲁、豫巡阅使，吴佩孚为副。王占元为两湖巡阅使，张作霖为东三省巡阅使，兼蒙疆经略使。湖南军队进攻湖北，王占元败走。旋为吴佩孚所败，进陷岳州，川军东下，亦为佩孚所败。十一年四五月间，奉军在近畿和直军冲突，奉军败退出关。孙中山本在广西筹备北伐。是年四月间，将大本营移至韶关。陈炯明走惠州。五月，北伐军入江西。六月，徐世昌辞职。曹锟等电黎元洪请复位。元洪复电，要求各巡阅使、督军先释兵柄，旋复许先行入都。撤消六年六月解散国会之令，国会再开。