黄巾起义对东汉末期的政治产生了不可低估的影响。
在此之前，尽管有过许多次农民暴动，但规模都比较小，很快就被镇压下去了。黄巾起义的规模却非常大，遍及全国大多数地区。摇摇欲坠的东汉朝廷经此一役，元气大伤，灭亡的征兆已是显露无遗。
前文中说过，东汉帝国的兵力部署，主要集中在首都及边疆一带，内地的地方武装规模是很小的，打击盗匪还行，遇到像黄巾军这样人数众多且有严密组织的起义军，就显得捉襟见肘了。
黄巾起义的一大后果，便是帝国地方武装的兴起。为了对付庞大的叛乱武装，各地纷纷招募部队以求自保，地方武装力量急剧扩大。有了武装，便有了政治上的话语权。从此地方的权力越来越大，而朝廷对郡县、封国的控制力度逐渐被削弱，最终导致了各地军阀崛起、群雄割据。
很多写三国史的书，都是从黄巾起义开始，为什么呢？
曹操、孙坚、刘备奠定了后来三国的基业，他们三人都参与镇压了黄巾军起义，从某种意义上说，黄巾起义给了他们在战场上大放光芒的机会，同时也为他们个人的事业打开了一扇大门。