在黄宗羲前后，这股启蒙思潮一度兴起，有唐甄大声疾呼：“自秦以来，凡为帝王者皆贼也！”与黄宗羲的“为天下之大害者，君而已矣”相呼应，直指封建君主专制的要害之处；有方以智，要“坐集千古之智，折中其间”，力图冲破儒学视仕途为全部学问的狭隘眼界，同黄宗羲一样，大力提倡“绝学”——科学技术；他们以“经世致用”为宗旨，在政治上反对封建专制主义，在科学文化上，更反对封建蒙昧主义，这不能说没有巨大历史功绩。
然而，这种启蒙思潮的发展是极为艰难的，前面已说到，李贽76岁仍被迫自刎而死，而黄宗羲呢？其父东林党的领袖为昏君奸臣所陷，继而被害，他自己也被阉党阮大械逮捕人狱，后来兴兵抗清败绩，亡命舟山、日本；方以智也需“接武东林、主盟复社”（卢见曾《感旧集话》），明亡后流亡岭南，为清军追捕，不得已在梧州削发为僧，却仍未逃脱，最后在押送途中身亡。
黄宗羲曾这么沤歌过东林志士：
数十年来， 勇者烙其妻，弱者埋土室，忠义之盛，度越前代，扰是东林之流风余韵也。一堂师友，汾风热血，洗涤乾冲。