在曾国荃41岁生日那天，曾国藩还特意为他创作了七绝十二首以示祝寿。曾国藩的至诚话语，感动得曾国荃热泪盈眶，据说当读至“刮骨箭瘢天鉴否，可怜叔子独贤劳”时，竟然放声恸哭，以宣泄心中的抑郁之气。随后，曾国荃返回家乡，但怨气难消，以致大病一场。从此，辞谢一切所任，直至同治五年春，清政府命其任湖北巡抚，他才前往上任。
早在裁湘军前，曾国藩写信给李鸿章说：
惟湘勇强弩之末，锐气全消，力不足以制捻，将来戡定两淮，必须贵部淮勇任之。国藩早持此议，幸阁下为证成此言。兵端未息，自须培养朝气，涤涤暮气。淮勇气方强盛，必不宜裁，而湘勇则宜多裁速裁。
曾国藩书中之意极深，只有李鸿章才能理解他的苦衷：朝廷疑忌握兵权的湘淮将领，舆论推波助澜，欲杀之而后快，如湘淮并裁，断无还手之力，若留淮裁湘，则对清廷可能采取的“功高震主者杀”起到强大的牵制作用。李鸿章既窥见清廷的用心，又理解了曾国藩的真实意图，因而决定投双方之所好，坐收渔人之利。他深知在专制制度下“兵制尤关天下大计”，淮军兴衰关乎个人宦海浮沉。他致函曾国藩表示支持裁湘留淮的决策，说尸吾师暨鸿章当与兵事相终始”，淮军“改隶别部，难收速效”，“唯师门若有征调，威信足以依恃，敬俟卓裁”。由于曾、李达成默契，所以裁湘留淮便成定局。