而在向荆襄大规模移民的同时，明王朝也开始了对贵州、云南、广西等西南地区的大规模移民，而这个移民政策主要是针对军屯逃亡的。明朝中期，军屯的逃亡也日益严重，大量军队土地被侵占，许多军队只有账册上的姓名，其人早就不知去向。在这样的情况下，明王朝开始有计划地调动部队：一方面重新选练精锐部队，部署在北方一线；另一方面，大量空额严重的军队重新补充兵员，向西南地区的贵州、广西、云南等地开始安置。这些部队在大西南设立卫所，开荒种地，成为明王朝时期的“建设兵团”，他们的后人许多都是今天生活在西南地区的客家人。
而在两个政策的背后，是附带的弘治朝的“减负”政策。朱祐樘常之减免地方赋税。如果某地受灾，官员请求免赋，他都会同意。据有关资料统计，弘治朝十八年每年基本都会减免赋税100-900万石。可以说，弘治朝减免的财税及赈济的次数及数目是历朝历代中绝无仅有的。